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Analisi NGS

Disponiamo di strumenti all’avanguardia per garantirti i migliori servizi nell’ambito dell’High-Throughput Sequencing

RNA & DNA sequencing

Il nostro team ti offre la massima esperienza e professionalità nell’High-Throughput Sequencing nella preparazione di diverse tipologie di librerie a partire da un ampio range di campioni di partenza (FFPE, low input….). Ti garantiamo anche la massima flessibilità di sequenziamento, in base alle tue esigenze, grazie alle nostre strumentazioni NGS di seconda e terza generazione, che permettono di ottenere short (SBS sequencing) e long reads (Oxford Nanopore Technology).

Sequenziamento RNA:

  • Total-RNA-SEQ
  • strand-specific mRNA-SEQ
  • smallRNA-SEQ

Sequenziamento DNA:

  • Whole Genome & Exome Sequencing
  • Amplicon sequencing & Gene panels
  • Methylation Sequencing (RRBS o WGBS)

 

Metabarcoding & Metagenomics

Dall’estrazione del DNA fino al report riassuntivo con i risultati, ti offriamo un servizio completamente automatizzato, di analisi del microbiota presente in varie matrici agro-ambientali (suolo, alimenti, acque) e campioni biologici (tamponi, stool).

Puoi applicare il sequenziamento metabarcoding standard per:

  • studi di biodiversità di comunità batteriche, fungine e organismi complessi
  • analisi filogenetiche
  • identificazione di genere, specie e ceppi e classificazione tassonomica

Inoltre, eseguiamo analisi metagenomiche, tramite whole genome sequencing, per la descrizione dell’intero microbioma di una comunità presente in una matrice e/o campione biologico.

Entrambe le analisi metabarcoding e metagenomiche possono essere eseguite con tecnologia di seconda e terza generazione, ottenendo short (SBS sequencing) e long reads (Oxford Nanopre Technology), come tu preferisci.

Genotyping & Sanger sequencing

Per campioni di diversa origine (animale, vegetale, ambientale), realizziamo servizi di genotipizzazione con diversi approcci e/o tecnologie in modo rapido e a prezzi competititvi:

  • tecnologia KASP™ (Kompetitive Allele Specific PCR)
  • analisi microsatelliti
  • allelic discrimination con sonde in realt time PCR

Inoltre, eseguiamo sequenziamento Sanger di frammenti PCR, iniziando dallo step che preferisci (PCR o reazione di sequenziamento già purificata).

Bioinformatica

Per andare incontro alle tue esigenze in modo totale e completo, procediamo anche all’analisi bioinformatica dei tuoi dati NGS con redazione di un report ad hoc secondo le tue esigenze. Per meglio valorizzare i tuoi dati applichiamo software open source e proprietari, ma anche pipeline disegnate in-house appositamente per te, con diversi linguaggi di programmazione (es. Phyton, R).

Le analisi computazionali da noi eseguite riguardano tutte le fasi analitiche del dato e/o ambiti:

  • quality control dei dati grezzi e preprocessing
  • elaborazione dei dati di espressione genica (trascrittomica)
  • identificazione di varianti alleliche (SNP calling)
  • analisi di biodiversità di organismi e microrganismi
  • analisi custom

Progetti di ricerca

Il team di NGI ha lunga e diversificata esperienza in progetti di ricerca svolti in centri nazionali e internazionali, durante i quali ha consolidato competenze nello sviluppo e implementazione di protocolli con soluzioni all’avanguardia ed originali.

Contattaci per discutere la tua idea progettuale, potremo aiutarti a realizzarla nel modo più innovativo.

Come PMI possiamo partecipare a progetti finanziati anche come partner e ti aiuteremo a scrivere il tuo progetto.

 

PAST PROJECT
CURRENT PROJECT